《房地产开发经营业务企业所得税处理办法》（国税发〔2009〕31号）第六章为“附则”，共三条，主要规定了办法的适用范围、解释权限、施行时间及衔接事项。附则虽条文简短，但对政策执行具有关键意义。
一、适用范围与参照执行（第三十七条）
本办法适用于中国境内的房地产开发经营企业。该条同时规定，从事房地产开发经营业务的外商投资企业，除另有规定外，依照本办法执行。对于非房地产开发经营企业，若发生房地产开发经营业务，可参照本办法处理。这解决了实际中部分企业兼营房地产开发时的税务处理依据问题。
二、解释权限归属（第三十八条）
本办法由国家税务总局负责解释。这意味着各地税务机关在执行中遇到的问题，需逐级上报至国家税务总局明确，以确保全国政策统一。实务中，各省市税务局可制定具体操作办法，但不得与本办法相抵触。
三、施行时间与旧规衔接（第三十九条）
本办法自2008年1月1日起施行。《国家税务总局关于房地产开发业务征收企业所得税问题的通知》（国税发〔2006〕31号）同时废止。对于2008年1月1日之前已完成的开发项目，以及跨期项目，原则上按原规定处理完毕；但未完结事项需遵循本办法。实务中需注意新老办法的过渡衔接到位，如预计毛利率、计税成本核算等。
附则虽名称“附则”，但解决了实务中的核心争议点：一是明确“外商投资房地产企业”同等适用原内资办法（同时后续被废止的国税发〔2006〕31号中对外资有专门规定，故称为“除另有规定外”）；二是明确了非房地产开发企业从事房地产开发时的法律适用，实践中通常按其主营业务确认所得，但用地及项目仍可参照本文件的成本核算、收入确认等规则；三是重申解释权交由总局，防止扩张解释。
第六章附则赋予了办法明确的适用边界和衔接机制，企业税务处理时不可忽略。对房地产开发企业而言，应关注项目开始时间与原政策的衔接，尤其涉及《国税发〔2009〕31号》生效前已拿地及预售的情形，需分别判断是否应遵循本处税务政策。在开展涉税管理工作全流程中，准确援引附则第三十九条关于施行日的认定确定抵扣计量，对正确履行房地产开发业务企业所得税纳税事宜，具有重要意义。
